Alguns exemplos de como converter vídeos em algum formato para mp4 mantendo uma boa qualidade:
$ ffmpeg -i input.avi -c:v libx264 -crf 19 -preset slow -c:a aac -strict -2 out.mp4
Caso queira converter todos de uma pasta(troque .avi para seu tipo de vídeo):
$ find -name “*.avi” -exec ffmpeg -i {} -c:v libx264 -crf 19 -preset slow -c:a aac -strict -2 {}-slow.mp4 \;
COMANDO OTIMIZADO PARA CONVERSÃO FFMPEG PARA MP4:
ffmpeg -i input.xx -c:v libx264 -crf 19 -movflags faststart -threads 0 -preset slow -c:a aac -strict -2 output.mp4
Fontes:
https://trac.ffmpeg.org/wiki/Encode/H.264
http://superuser.com/questions/525249/convert-avi-to-mp4-keeping-the-same-quality
http://stackoverflow.com/questions/25569180/ffmpeg-convert-without-loss-quality
https://addpipe.com/blog/flv-to-mp4/